Cell | 建立人类树突状蛋白质与辅助性T蛋白质相互作用模型

肝细胞-肝细胞电磁力异常繁复，涵盖大量原子与频谱自营，医学界钻研多年，仍旧是管中的窥豹。来自巴黎PSL学术研究大学的Vassili Soumelis制作团队于在Cell杂志上发表题为A Quantitative Multivariate Model of Human DendriticCell-T Helper Cell Communication的文章，创设了测试与学说相适应的学术研究方式，测试上，在蛋白质程度检查了肝细胞所激素的STAT与应激反应；学说上，创设了频谱预妥善处理之时有的联系和电磁力联系。写作者以人类棒状状肝细胞（Dendritic cell，通称DC）与常规T肝细胞（T Helper cell，通称Th）之时有的电磁力为学术研究对象，分析了36同上DC系统性的频谱原子和17种Th激素的STAT，并仰赖这些数据创设数学建模，演算成56种已经被测试得成结论的肝细胞过渡性，与此同时，还推断成成290种显然联系，并得成结论了IL-12p70可以通过IL-1频谱自营作用于17型常规T肝细胞（通称Th17）。首先，写作者采集了人类单核肝细胞来源的DC（MoDCs）和向外血浆CD11c+DC（bDCs）两类肝细胞，并性刺激24时长。所引入的性刺激频谱主要包含三大类共计14种。第一种：内源频谱原子，包含趋化因子beta（interferon β，通称IFN-β），GM-CSF， TSLP和 PGE2；第二种：Toll样肽的合成酶，包含Toll4肽的胺类脂多糖（ lipopolysaccharide，通称LPS），Toll1/2肽胺类PAM3CSK4，Dectin1胺类Curdlan，Toll2/Dectin1胺类 zymosan，Toll7/8肽胺类R848，Toll3肽胺类 poly(I：C) 和NLRP3瘙痒小本体活化剂铝钾；第三种：细菌病毒，包含受热灭活的Candida albicans （通称HKCA），李斯特菌（Listeria monocytogenes，通称HKLM），Staphylococcus aureus （通称HKSA）， Streptococcus pneumoniae （通称HKSP）和菌株（influenza virus，通称flu）。接下来，写作者通过流式肝细胞术等方式，检查了36种DC系统性原子的传达显然会，其中的，29种处于肝细胞很薄，7种处于小肠上清之中的。结果显示，除了一些已知的DC肝细胞自发除此以外，写作者还有了一些一新推断成：（1）zymosan性刺激的MoDCs 传达高素质的CD54 和PVR；（2）菌株性刺激的MoDCs可以作用于ICOSL；（3）LPS性刺激的MoDCs 可以作用于高素质的CD30L和CD83。再下来，写作者将这些性刺激过的DC与T肝细胞共培养6天，随后检查Th的游离效率以及17种Th系统性STAT的传达激素显然会。有趣的是，写作者将Th和DC的表现相互比较，推断成，这二者之时有并不假定一一对应的联系，也就是说，两种性刺激物对DC诱发的视觉效果类似，但是，这两种性刺激物所妥善处理的DC与T肝细胞共培养之前，诱发的视觉效果很可以截然完全相同。接着，写作者引入生物信息学的方式，以上述测试数据创设建模。简单来说，写作者示范DC输成的36种频谱原子和Th输成的17种现象原子，将两两之时有的联系简化为“持续性基因传达”和“负向基因传达”两种，并且，还重新加入数据库和已发表典籍中的的信息，创设了繁复的频谱基因传达网络服务。同上如，通过这一建模，写作者推断成， IL-10的负向基因传达原子包含OX40L， 4-1BBL， IL-12， TNF-α， CD58， VISTA，Galectin-3， CD80， CD29， IL-1， ICAM-3， SLAMF3， IL-28a和CD83，而持续性基因传达原子包含Jagged-2， PDL1， IL-10， CD11a， HLA-DR， ICOSL， CD100， CD30L， CD18， ICAM-2和CD86，这样，给以DC完全相同的性刺激频谱，写作者就可以推断成Th自发肝细胞IL-10的传达激素显然会。最后，写作者利用这样建模，试图推断成并得成结论一新肝细胞过渡性。通过创设的建模，写作者推断成，IL-12在与IL-1， ICAM-2或者Jagged-2共同激素时，个人主义于基因传达IL-17F，而与CD70， IL-23或者 LIGHT 共同成现时，则非常个人主义于基因传达IL-17A。另外，敲除IL-12，IL-17A和IL-17F的传达程度都显着降低。这些结果说明了，IL-12参与Th17的作用于分化。为了进一步论述IL-12作用于Th17的系统，写作者引入本体外作用于Th的建模，推断成，IL-12并不能反之亦然作用于Th17，但是，同时重新加入IL-1和IL-12，Th17就作用于成来了。这是一篇测试与学说相适应的佳作。测试结果与计算建模相互支持，相互指导，相辅相成。如下图所示，测试均引入了密不可分相似之处两均数据，一是何种性刺激下DC肝细胞的自发，二是自发后的DC对T肝细胞的作用。学说均以DC和T肝细胞的输成STAT为两大，创设了STAT之时有的持续性和负向基因传达网络服务建模。通过这一建模，写作者预测成一些一新肝细胞时有过渡性，最终再用测试得成结论这些联系是否属实。这篇文章的看点有交接处，一是创设和测试学说相适应学术研究的范本，二是文章中的提供的诸多肝细胞基因传达信息以供学术研究参照。原始成处：Grandclaudon M1, Perrot-Dockès M2, Trichot C1, et al.A Quantitative Multivariate Model of Human Dendritic Cell-T Helper Cell Communication.Cell. 2019 Oct 3;179(2):432-447.e21. doi: 10.1016/j.cell.2019.09.012.